Reference #02
[2026년 중소기업기술혁신개발사업] 프로젝트 리더 및 관리자를 위한 운영 실무 매뉴얼
본 매뉴얼은 2026년 중소기업기술혁신개발사업 하반기(1차, 소부장) 과제의 성공적인 수행과 관리를 위해 실무진 및 프로젝트 리더가 반드시 숙지해야 할 핵심 행정 절차와 규정을 총망라한 실전 전략 가이드입니다.
발행일 2026-03-18
대표 질의 2026년 중소기업기술혁신개발사업 과제 수행 및 관리 절차는 어떻게 되나요?
중소기업기술혁신개발사업 과제의 성공적 운영을 위해서는 IRIS 시스템을 통한 정확한 행정 접수와 3책5공 등 규정 준수가 필수적입니다. 또한, 청년인력 채용 의무와 과제 종료 후 발생하는 경상기술료 납부 절차를 미리 대비해야 합니다.
- 신청 자격: 매출액 20억 원 이상, 본사 소재지 일치, 결격 사유 미해당 기업
- 시스템 활용: 모든 참여 연구원은 IRIS 가입 및 국가연구자번호 발급 필수
- 인력 운영: 창업 10년 이내 신산업 분야 기업은 기존 인력 인건비 현금 계상 우대
- 사후 관리: 과제 완료 후 5년간 매출액에 비례해 최대 정부지원금의 10%까지 기술료 납부
출처 요약
- 기관부담 연구개발비는 총 연구개발비의 25% 이상이며, 이 중 10% 이상은 현금 부담입니다.
- 외국법인과 공동 과제 수행 시 국내 연구자는 최대 6개, 연구책임자는 최대 4개까지 동시 수행이 완화됩니다.
- 의무 채용된 청년인력을 1년 미만 유지 시 해당 인건비 전액이 국고로 환수됩니다.
- 주관연구개발기관으로 총 5회 수행 또는 최근 7년간 3회 이상 수행 시 지원이 제외됩니다.
- 작성
- 이룸터 콘텐츠팀
- 검수
- 이룸터 편집팀
- 최종 검증일
- 2026-03-18
본 매뉴얼은 2026년 중소기업기술혁신개발사업 하반기(1차, 소부장) 과제의 성공적인 수행과 관리를 위해 실무진 및 프로젝트 리더가 반드시 숙지해야 할 핵심 행정 절차와 규정을 총망라한 실전 전략 가이드입니다.
1. 사업 개요 및 추진 전략
1.1 사업 목적 및 추진 배경
소재·부품·장비(소부장) 전략기술분야의 기술 자립도를 높이고, 글로벌 공급망 재편에 선제적으로 대응하기 위한 중소기업의 혁신역량 강화 및 기술 경쟁력 확보를 최우선 목표로 합니다.
1.2 지원 규모 및 조건 요약
- 지원 규모: 총 168억 원 내외 (약 140개 과제 지원)
- 지원 한도: 최대 2년, 과제당 총 5억 원 이내 (연차별 2.5억 원 이내)
- 정부지원 연구개발비: 총 연구개발비의 75% 이내
- 기관부담 연구개발비: 총 연구개발비의 25% 이상 (이 중 10% 이상은 반드시 현금 부담)
1.3 추진 일정 (Timeline)
공고일로부터 협약 체결까지의 전체 프로세스는 다음과 같습니다. 접수 마감 시간(18:00 정각) 엄수를 위해 최소 2~3일 전 서류 제출 완료를 강력히 권장합니다.
- 사업공고: 3월 16일
- 신청·접수: 3월 30일 ~ 4월 15일 18:00까지
- 선정평가: 5월 ~ 6월
- 최종선정 및 협약: 7월
2. 신청 자격 및 사전 결격 사유 검토
2.1 주요 자격 요건
- 지역 소재지 기준: 주관연구개발기관은 반드시 본사 소재지를 기준으로 신청해야 합니다. (공고 지역 불일치 시 선정에서 자동 제외)
- 매출액 기준: 최근년도 결산 재무제표 기준 매출액 20억 원 이상인 중소기업에 한정됩니다.
2.2 지원 제외 사항 체크리스트 (실무자 자가 진단)
접수 전 아래 항목 중 하나라도 해당할 경우 지원 대상에서 즉시 제외됩니다.
- 세무당국에 의한 국세·지방세·관세 체납 여부
- 부채비율 1,000% 이상 또는 최근 결산 기준 자본전액잠식 여부
- 기술료 납부, 성과 실적 입력 등 기존 사업 의무사항 불이행 여부
- 국가연구개발사업 참여제한 중인 기관, 대표자, 연구책임자 포함 여부
- 신청 과제의 기개발 혹은 타 사업 중복 지원 여부
- 임금체불 정보가 등록된 기업 또는 대표자 여부
2.3 부채비율 산정 및 예외 적용 (전략 포인트)
부채비율 1,000% 이상인 기업도 다음 조건을 충족하고 입증 서류를 갖출 시 신청 가능합니다.
- 부채 제외 항목: 벤처투자법에 따른 투자금 및 공공기관 등에서 유치한 대출형 투자금(CB, BW, SAFE, RCPS)은 부채 총액에서 제외
- 사후 해소 증빙: 마감일 기준 부채비율 1,000% 미만 및 자본전액잠식 해소 증명을 위해 '당해 수정 재무제표'와 '외부 회계법인 의견서' 필수 제출 (자체 가결산 인정 불가)
- 당연 예외: 창업 3년 미만 기업 및 법원 인가에 따른 회생계획 이행 기업은 예외 적용
3. 범부처통합연구지원시스템(IRIS) 활용 가이드
3.1 단계별 프로세스 실행 지침
- 회원가입: 연구책임자 및 참여연구원 전원 IRIS 가입 및 정보 최신화
- 기본정보 입력: 과제 상세 정보, 연구개발비, 개발 목표 등 시스템 직접 입력
- 문서 업로드: 연구개발계획서(본문1) 및 필수 부속 서류 파일 업로드
- 최종 제출: 유효성 점검 후 주관기관 연구책임자가 직접 '제출' 버튼 클릭
3.2 필수 이행사항 (행정 병목 구간 주의)
- 국가연구자번호 발급: 참여연구원 전원 NRI(국가연구자정보시스템) 이동 후 연구자 전환 동의 필수
- 기관 정보 등록: 기관 대표자 정보 미등록 시 연구책임자 최종 제출 불가. 접수 전 대표자 정보와 부서 등록 확인 필수.
3.3 제출 서류 목록 및 방식
- 파일 업로드: 연구개발계획서 본문1(18페이지 이내), 연구실 운영비 활용 계획서, 보안점검 결과 및 의무 확인서, 지역특화 지표 검토 신청서 등
- 시스템 입력: 연구개발계획서 본문2, 요약서, 개인/신용정보 활용 동의서 등
4. 연구 수행 핵심 규정: 3책5공 및 인력 운영
4.1 3책5공 제도 (동시수행 과제 제한)
- 일반 기준: 연구자당 전체 과제 수 최대 5개, 그 중 연구책임자(PI)로서 수행은 최대 3개 제한
- 예외 기준: 외국법인과 공동 과제 수행 시 국내 연구자는 최대 6개(연구책임자로서 최대 4개)까지 완화
4.2 인력 운영 및 인건비 지침
- 청년인력 채용 의무: 정부지원연구개발비 합계액 5억 원당 청년인력(만 15~34세) 1명 신규 채용
- 신규인력 인건비 현금 계상: 창업 7년 이내 기업은 기존 인력 인건비도 현금 계상 가능
- 신산업 특례: 창업 10년 이내 신산업 분야 창업기업은 기존 인력 인건비를 현금으로 계상 가능한 우대 혜택 존재
- 위반 시 조치: 채용 의무 미이행 또는 1년 미만 고용 유지 시, 해당 인력 인건비 전액 국고 환수
5. 연구 보안 및 내부 보안심의회 운영
5.1 보안 등급 분류
- 보안과제: 외국 기술이전 거부 항목, 국가핵심기술 등 보안 관리가 필요한 과제
- 일반과제: 보안과제로 지정되지 않은 일반 과제
5.2 연구보안심의회 필수 운영
연구기관 보안대책 수립, 외국 기관 접촉 관리, 외국인 참여 심의, 보안사고 조치계획 등을 위해 자체 심의회 구성이 의무화됩니다.
6. 과제 종료 후 사후 관리 및 기술료
6.1 매출기반 경상기술료 납부
과제 종료 후 '완료' 판정을 받은 영리기관은 5년간 매출액에 비례하여 기술료를 납부해야 합니다.
- 산정식: 기업 전체 매출액 × 기술 기여도 × 요율(2.5%) (정부지원금의 10% 한도)
6.2 중소기업 R&D 졸업제 (수행 횟수 제한)
- 제한 기준: 주관연구개발기관으로 총 5회 수행 또는 2020년부터 최근 7년간 3회 이상 수행 시 지원 제외
- 예외: 소부장 강소기업100+, 스케일업 팁스 과제 등은 산정 횟수에서 제외
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